Het orgel van de Doopsgezinde Kerk kwam in 1961 gereed. Bouwer was de firma Marcussen & Søn te Aabenraa in Denemarken. Dit nieuwe instrument verving een orgel, dat in 1816 na de voltooiing van de huidige kerk was gebouwd door de Groninger orgelmaker Johan Wilhelm Timpe. Het instrument had 16 stemmen verdeeld over Hoofdwerk en Bovenwerk. De orgelmaker P. van Oeckelen, die hier vele jaren organist was, vergrootte het orgel met een klein vrij pedaal. Het orgel was in een aanbouw aan de oostzijde van de kerk ondergebracht.
In 1928 moderniseerde de Firma Spiering uit Dordrecht het instrument ingrijpend. Van het Timpe-orgel bleven het front met frontpijpen en enige oude registers behouden. De op de drie torens geplaatste beelden werden weggenomen. Het orgel kreeg kegelladen met een pneumatische tractuur. In 1941 verving dezelfde firma de pneumatische tractuur door een elektro-pneumatische met een verplaatsbare speeltafel op de zogenoemde wezengalerij aan de westzijde van de kerk. Bij deze verbouwing sneuvelden nog enige oude registers. De firma Spiering gebruikte hierbij een speeltafel met bijbehorende onderdelen van een orgel uit een bij het bombardement van Rotterdam in 1940 verwoeste bioscoop.
In het begin van de jaren vijftig van de vorige eeuw was de toestand van het orgel dermate verslechterd, dat het buiten gebruik moest worden gesteld. Het orgel was een toonbeeld van de algehele malaise waarin de orgelbouw was geraakt. Deze malaise had de orgelbouw via een industrialisatieproces volledig in haar greep gekregen. Al in het begin van de twintigste eeuw ontstond hiertegen protest. Na de eerste wereldoorlog werd dit protest in Duitsland gekanaliseerd door de zogenoemde “Orgelbewegung”. Aan de hand van bewaard gebleven oude instrumenten kwam er een herbezinning. Toch bleef men de klankschoonheid van de oude orgels als een vrijwel onbereikbaar ideaal zien.
Door de opkomst van het Derde Rijk gevolgd door de tweede wereldoorlog kwam de juist begonnen herleving vrijwel tot stilstand. In Denemarken bleek het mogelijk om de nieuw ingeslagen koers voort te zetten. Het was vooral de firma Marcussen & Søn te Aabenraa onder leiding van haar directeur Sybrand Zachariassen die hier het voortouw nam. De firma Marcussen & Søn boekte in het begin van de jaren vijftig haar eerste opdrachten in Nederland. De Marcussenorgels kregen al gauw het stempel opgedrukt neo-barokke instrumenten te zijn. Dit is niet in overeenstemming met de realiteit. Hoewel geïnspireerd door de barok zijn er toch saillante verschillen. Dit begint al bij de vormgeving. Deze is veelal gebaseerd op het toen veel geprezen “Danish design”. Maar ook in klank en in technisch opzicht zijn er opvallende afwijkingen. De Marcussenorgels vallen op door hun hoog ambachtelijk niveau, het gebruik van hoogwaardig materiaal en een geheel eigen klankgeving.